本发明公开了一种磁控荧光生物传感器的制备方法及其应用,包括如下步骤:(1)制备磁控免疫探针MB‑Ab;(2)制备脂质体包埋金簇复合物Biotin‑Liposome/AuNCs;(3)制备适配体修饰的脂质体包埋金簇复合物,即Biotin‑Liposome/AuNCs‑Aptamer信号探针;(4)利用Biotin‑Liposome/AuNCs‑Aptamer信号探针结合磁控免疫探针构建检测癌胚抗原CEA的多重信号放大磁控荧光生物传感器;检测时,先绘制传感器检测不同浓度的癌胚抗原的荧光信号工作曲线,再对临床血清样品中癌胚抗原的浓度进行检测。本发明制备方法制备的磁控荧光生物传感器抗干扰能力强,且具有高灵敏度和高选择性,可用于检测血清样品中低丰度肿瘤标志物。